工厂不发辞职工全勤奖金的处理，可能受以下特殊情况影响：1、双方劳动合同有“辞职即不享受全勤奖”约定。若合同明确约定“员工辞职当月季度全勤奖不予发放”，且约定不违反最低工资等法定强制性规定，工厂也已向员工充分说明，该约定可能成为合法依据，影响员工主张结果。2、工厂因经营困难等临时调整全勤奖政策并公示。若工厂在员工辞职当月，因突发经营困难、行业政策调整等客观原因，经合法程序（如职工代表大会通过）调整或暂停全勤奖发放条件，并向全体员工公示，且政策统一适用，可能影响发放，员工需按调整后政策判断。3、员工因工厂违法行为被迫辞职。若员工因工厂存在《劳动合同法》第三十八条规定的违法行为（如未及时足额支付劳动报酬、未缴社保等）被迫辞职，员工不仅有权主张全勤奖金，还可要求经济补偿金，工厂拒发行为不合法，需承担不利后果。
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辞职工厂不发全勤奖金是否合法，可依据劳动法律法规分析：根据《中华人民共和国劳动合同法》第十七条，劳动合同应包含劳动报酬条款，全勤奖金作为劳动报酬组成部分，发放条件需在合同或规章制度中明确约定。《工资支付暂行规定》第十五条明确，用人单位不得克扣工资，除非符合法定情形。若工厂与员工明确约定全勤奖发放条件，且员工辞职当月实际满足条件（如无缺勤、出勤达标），工厂仅以辞职为由拒发，属于克扣工资，违反上述规定。此外，《中华人民共和国劳动法》第五十条规定“工资应按月支付，不得克扣或无故拖欠”，全勤奖作为工资组成部分，工厂无故不发即违法。因此，员工符合全勤条件时工厂拒发违法；若不符合条件或双方有合法约定，则合法。
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辞职工厂不发全勤奖金，员工可能面临以下法律风险：1、工厂常以“未工作满月”拒发。如员工月底辞职但当月出勤天数达标（如满勤22天，实际出勤22天），工厂可能以“未工作满月”为由拒发，此时员工需提供出勤天数达标且符合全勤条件的证据。2、工厂主张全勤奖为“福利”而非“工资”。部分工厂将全勤奖定性为福利，声称有权自主决定是否发放，若员工辞职，可能以此拒发。但实际上，若全勤奖在劳动合同中明确约定，或作为常规工资组成部分发放，即使工厂称为福利，也可能被认定为劳动报酬，工厂拒发存在违法风险。
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辞职工厂不发全勤奖金是否合法，需结合具体情况判断：若员工辞职当月已满足全勤奖发放条件（如无迟到、早退、旷工，出勤天数达标），工厂仅以辞职为由拒发，通常不合法。存在以下情况需区别处理：1.劳动合同或规章制度明确规定“员工辞职则当月全勤奖不予发放”，且规定未违反法律强制性规定并已公示，可能成为拒发理由，但需审查该条款是否属于排除劳动者权利的不合理规定。2.员工辞职当月存在缺勤（如出勤天数不足、迟到早退等），工厂依据规定不发，一般合法。3.工厂未明确全勤奖发放条件和规则，或规定模糊不清，仅以辞职为由单方面拒发，员工有权主张工厂支付。

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